Cette espèce est chassable mais est classée gibier à plan de chasse "zéro" dans l’Ain et le Jura. Un arrêté préfectoral interdit sa chasse dans le département du Doubs.
Encore plus discrète que son cousin le grand tétras, ses effectifs sont mal connus. Encore peu d’études ont été menées sur la gélinotte des bois dans le Jura. Elle fait aujourd’hui l’objet d’un suivi sur trois sites du massif jurassien par battue sans chien.
L’espèce a subit un net déclin à partir des années 50 en plaine et des années 70 en montagne jurassienne. Une certaine remontée des effectifs a été observée dans les sites d’altitude du jura depuis les années 2000, mais elle reste absente des habitats de plaine. Les effectifs de gélinotte ont tendance à varier rapidement et assez fortement en réponse à différents facteurs environnementaux. L’aire de répartition est restée globalement stable dans le département du jura mais a diminué dans le Doubs entre 1950 et 1990. Elle est à priori stable depuis les années 90.
Ce déclin serait principalement du aux modifications et au morcellement de son habitat. La prédation, qui est une cause directe de destruction des nids et des adultes, peut avoir un impact plus ou moins marqué selon la structure de l’habitat.
